1960年代
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拜仁球员维尔纳·奥尔克、弗朗茨·贝肯鲍尔和盖德·穆勒在赢得1967年欧洲优胜者杯决赛后为纪念品签名
第二次世界大战结束和两德分裂后的几年里，拜仁并非西德的主要球队之一；而在1945年之前，由于俱乐部的创始人是犹太人，他们甚至受到了纳粹政权的不公平对待。[9]拜仁是德国足球南部高级联赛于1945年的创始成员，但在该地区的成绩从未超过第三名，因此没有资格参加总冠军的角逐——只有后者才有机会入围自1955年开始举办的欧洲冠军杯。在1962-63赛季的联赛（德语：Fußball-Oberliga 1962/63）中，拜仁落后于同城对手慕尼黑1860，未能取得参加来季开始设立的全国性德甲联赛的准入资格，[9]组织者将参赛权授予了其它排名较低的俱乐部，因为他们不希望每座城市的参赛队多于一支。尽管如此，该俱乐部还是在1962-63赛季得以首次参加欧战，并闯入了國際城市博覽會盃的八强（英语：1962–63 Inter-Cities Fairs Cup）（一项非欧洲足联赛事，在当时是通过邀请举办交易会的城市的俱乐部来参加的；其入围资格后来变得与各国家联赛的排名更为紧密，并被视为欧洲联盟杯的前身）。拜仁还曾于1956-57赛季（英语：1956–57 DFB-Pokal）捧得本土杯赛冠军，[9]但欧洲优胜者杯直至三年后才设立。
在主教练兹拉特科·柴可夫斯基的带领下，拜仁成功升入1965-66赛季德甲，[9]并获得第三名（冠军为慕尼黑1860）。[10]那一年，他们又再度夺得杯赛冠军（英语：1965–66 DFB-Pokal），因此得以首次参加欧洲足联赛事，即1966–67年欧洲优胜者杯。在这项赛事中，他们继续高歌猛进，并至决赛通过加时以1比0击败苏格兰的流浪者，捧得奖杯。[10]拜仁是幸运的，因为决赛正好在巴伐利亚的纽伦堡（弗兰肯地区）举行——那里几乎相当于主场作赛；同时他们也得益于对手混乱的备战：流浪者在早前的比赛中淘汰了卫冕冠军、同样来自德国的普鲁士多特蒙德，[11]但此后便弃用了两位高产的前锋（因为在1967年1月苏格兰足总杯上的惨败（英语：Berwick Rangers F.C. 1–0 Rangers F.C.）），转而依赖一位改踢位置的后卫，后者却缺乏抗衡拜仁所需的水准。[11]获胜的一方当时拥有数名本土的青年才俊：[12][13]公认在其各自位置上会成长为世界级的门将塞普·迈尔、清道夫弗朗茨·贝肯鲍尔和前锋盖德·穆勒，加上中场弗朗茨·罗特（1967年决赛的唯一入球者）和储备后卫格奥尔格·施瓦岑贝克——所有这些人都将是俱乐部即将享受巨大成就的不可或缺的一部分。[10]
1967年欧洲优胜者杯决赛
主条目：1967年欧洲优胜者杯决赛和1966–67年歐洲盃賽冠軍盃
拜仁慕尼黑 v 流浪者
1967年5月31日 拜仁慕尼黑 1–0 (加時) 流浪者 纽伦堡市政体育场19:30
罗特 109'
報告
入場人數： 69,480裁判： 孔切托·洛贝洛（英语：Concetto Lo Bello）（意大利）
在来季的卫冕之旅中，拜仁于半决赛输给了最后的冠军AC米兰，但能够在1969年赢得他们的首个德甲冠军。[10][12]于是至1969–70年歐洲冠軍盃的首度欧冠亮相中，他们尽管先在主场以2比0、但客场却0比3不敌法国球队圣艾蒂安，于第一圈即遭淘汰，这也导致了主教练布兰科·泽贝茨（其后获公认为后续的发展奠定了大量基础）的离任。[14]其继任者乌多·拉特克是由贝肯鲍尔推荐入俱乐部，他随即引进了保罗·布莱特纳和乌利·赫内斯，这是球队另外两名重要的新成员。[15]
1970年代
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拜仁于1972年迁入奥林匹克体育场
拜仁于1970-71赛季（英语：1970–71 Inter-Cities Fairs Cup）第二次也是最后一次参加博览会杯，并再度击败流浪者，然后至四分之一决赛遭利物浦淘汰。[16]他们那年赢得了本土杯赛（英语：1970–71 DFB-Pokal）冠军，并在随后的1971-72年欧洲优胜者杯中挺进半决赛，期间成功复仇了利物浦，但却输给了流浪者，轮到流浪者举起奖杯（英语：1972 European Cup Winners' Cup Final）。[17][18]然而，在国内赛场上，拜仁首次获得双冠王；在过去的两年里，他们的成绩一直落后于普鲁士门兴格拉德巴赫。[10]那年夏天意义重大，有两个原因：首先，以拜仁和门兴格拉德巴赫球员为主的德国队在比利时赢得了1972年欧洲足球锦标赛冠军。[19][12]尽管在1966年世界杯决赛至加时赛后惜败于英格兰，1970年世界杯又在著名的半决赛（英语：Italy v West Germany (1970 FIFA World Cup)）中负于意大利，但在欧锦赛上取得的压倒性胜利证明，这群德国球员此时有能力在最大的舞台上取胜。[20]其次，1972年夏季奥林匹克运动会在慕尼黑举行，盛事结束后，拜仁从规模小得多的绿森林体育场迁入奥运主会场，这是一个与俱乐部的雄心壮志相匹配的体育场。[10]
在1972–73年歐洲冠軍盃，拜仁进军八强，但遭卫冕冠军阿贾克斯淘汰，后者继续保住了他们的冠军。[12]然而，德甲的成功卫冕，使拜仁依然能够获得参加1973–74年歐洲冠軍盃的机会。那几乎又是一次短暂的欧冠之旅，他们仅仅通过点球大战才勉强于第一圈淘汰瑞典的半职业球队奥特维达贝里（拜仁由此对对手阵中的康尼·托尔斯滕松印象深刻，并迅速将其签入）。[21][22]经过此后几轮与铁幕阵营的比赛，包括以总比分7比6艰难淘汰东德德累斯顿迪纳摩的“真正德国冠军（英语：East Germany–West Germany football rivalry）”之争，[23][24][25][26]拜仁得以首次挺进欧冠决赛。决赛将在布鲁塞尔的海塞尔体育场举行，这正是德国队夺得欧洲冠军的地点。作为决赛对手，来自西班牙的马德里竞技以其强大的防守实力著称，90分钟的比赛以零入球结束。当马德里人在加时赛还剩5分钟时攻入一球，拜仁的梦想似乎破灭了，但在最后一分钟，施瓦岑贝克在30码开外的远射破门拯救了比赛，双方需要重赛一场。[12][27][28]48小时后，拜仁表现优异，赫内斯和穆勒各入两球，4比0的比分使欧洲足坛的最高荣誉首次被带到了巴伐利亚乃至整个德国。[12][10][27][28]
1974年欧洲冠军杯决赛
主条目：1974年欧洲冠军杯决赛和1973–74年歐洲冠軍盃
正赛
拜仁慕尼黑 v 马德里竞技
1974年5月15日 拜仁慕尼黑 1–1 (加時) 马德里竞技 布鲁塞尔海塞尔体育场20:00 (CEST)
施瓦岑贝克 120'
報告
阿拉贡内斯 114'
入場人數： 48,722裁判： 维塔尔·洛劳克斯（英语：Vital Loraux）（比利时）
重赛
马德里竞技 v 拜仁慕尼黑
1974年5月17日 马德里竞技 0–4 拜仁慕尼黑 布鲁塞尔海塞尔体育场20:00 CEST
報告
赫内斯 28', 82'穆勒 56', 69'
入場人數： 23,283裁判： 阿尔弗雷德·德尔古（英语：Alfred Delcourt）（比利时）
在欧冠胜利两个月后，拜仁球员又组成德国国家队的骨干，进而赢得1974年德国世界杯冠军，在慕尼黑举行的决赛中击败了宿敌（英语：Germany–Netherlands football rivalry）荷兰。[10][29]“皇帝”贝肯鲍尔担任场上队长，为德国队取得入球的则是布莱特纳和穆勒。这一结果标志着荷兰人的权力交接：该国俱乐部参加了过去五次欧冠决赛，但此后14年都未能再进入决赛。
1973年，弗朗茨·贝肯鲍尔、盖德·穆勒和主教练乌多·拉特克经史基浦机场参加与阿贾克斯的欧洲冠军杯
由于拜仁与应届欧洲优胜者杯冠军、来自东德的马格德堡[30]始终无法就对赛的日期达成一致，致使这一年度的欧洲超级杯取消。东德国家队曾在数月之前的世界杯分组赛中与西德队相遇并取得胜利，[31]但是当1974–75年歐洲冠軍盃第二圈的抽签使双方球队相遇时，代表西部的拜仁则再次获胜，即便前者在首回合较量中一度落后。[32][33]
继拉特克于1975年1月离任，[32]德特马·克拉默被任命为新的主教练后，[12][34]他们又逾越了包括圣艾蒂安在内的另外两个对手，得以与利兹联在巴黎的决赛中碰面。结果是拜仁凭借罗特和穆勒的入球而以2比0获胜，[12]但是利兹球员的一些野蛮犯规以及法国主裁作出的数次有利于拜仁的争议判罚——包括一个被判无效的进球，都为这场比赛留下了不好的印记。[35][36]这导致部分英国球迷在失望中暴动，他们在球场内使用破损的座位作为投掷物，并在整夜持续破坏这座城市的财产。[35]
在国内，门兴格拉德巴赫赢得了联赛冠军，而拜仁仅以第十位完赛；他们因布莱特纳转会皇家马德里而减员，尽管明日之星卡尔-海因茨·鲁梅尼格已加入俱乐部，但在巴黎并未获得出场机会。接下来的赛季，拜仁首次参加欧洲超级杯，却在两个回合均不敌基辅迪纳摩。[37][38]
1975年欧洲冠军杯决赛
主条目：1975年欧洲冠军杯决赛和1974–75年歐洲冠軍盃
拜仁慕尼黑 v 利兹联
1975年5月28日 拜仁慕尼黑 2–0 利兹联 巴黎王子公园20:15 CEST
罗特 71'穆勒 81'
報告
入場人數： 48,374裁判： 米歇尔·基塔布日安（英语：Michel Kitabdjian）（法国）
1975年欧洲超级杯
主条目：1975年欧洲超级杯
首回合
拜仁慕尼黑 v 基辅迪纳摩
1975年9月9日 拜仁慕尼黑 0–1 基辅迪纳摩 慕尼黑奥林匹克体育场
報告
布洛欣 66'
入場人數： 30,000裁判： 塞尔焦·贡内拉（英语：Sergio Gonella）（意大利）
次回合
基辅迪纳摩 v 拜仁慕尼黑
1975年10月6日 基辅迪纳摩 2–0 拜仁慕尼黑 基辅共和体育场
布洛欣 40', 53'
報告
入場人數： 105,000裁判： 多安·巴巴詹（英语：Doğan Babacan）（土耳其）
拜仁在本土联赛冠军的争夺中依旧表现不佳，最终以第三名的成绩完赛，核心球员们已经度过了体能巅峰，并且在赢得所有奖杯之后也失去了一些动力；[12]然而，在赛事丰厚奖金的鼓舞下，[39]拜仁再次进入了欧洲冠军杯决赛——他们于半决赛（其中穆勒和主裁判在首回合比赛结束时遭到一名观众袭击）[40][41]中淘汰皇家马德里，[39]将前往格拉斯哥对阵圣艾蒂安。决赛中，罗特于下半场取得唯一入球，连续第三次把大耳朵杯带回慕尼黑，这项成就使他们继皇家马德里和阿贾克斯之后得以永久保存奖杯真品；[12]而法国球队则在赛后宣称，是汉普顿公园不同寻常的方形门柱使他们无法得分，他们曾有两次射门都被横梁所拒绝。[42][43][44]拜仁阵中还有四名球员代表德国队参加了那个夏天在贝尔格莱德举行的1976年欧洲足球锦标赛决赛，但国家队也略过了最佳状态，于点球大战中负于捷克斯洛伐克。[45]
1976年欧洲冠军杯决赛
主条目：1976年欧洲冠军杯决赛和1975–76年歐洲冠軍盃
拜仁慕尼黑 v 圣艾蒂安
1976年5月12日 拜仁慕尼黑 1–0 圣艾蒂安 格拉斯哥汉普顿公园20:15 BST
罗特 57'
報告
入場人數： 54,670裁判： 保洛陶伊·卡罗伊（匈牙利）
在8月与安德莱赫特的两场对决后，拜仁第二次错失欧洲超级杯，[46][47]但得以首度参加洲际杯。[10]此前，他们曾将1974年的参赛权转予马德里竞技，[48]1975年则因赛程问题无法与南美解放者杯冠军达成一致而取消（也有原因是由于前几届赛事发生暴力冲突，他们不愿意与阿根廷球队比赛）。[49]1976年的对手是来自巴西的克鲁塞罗；首回合拜仁在白雪皑皑的慕尼黑依靠盖德·穆勒和尤普·卡佩尔曼的入球而取得2比0的领先优势；[34]一个月后他们又在大西洋彼岸的米内罗、在117,000名观众的见证下与对手互交白卷，[34]从而加冕世界冠军（当时这是非官方头衔，但于2017年由国际足联追溯授予）。[8][50][51]
1976年欧洲超级杯
主条目：1976年欧洲超级杯
首回合
拜仁慕尼黑 v 安德莱赫特
1976年8月17日 拜仁慕尼黑 2–1 安德莱赫特 慕尼黑奥林匹克体育场
穆勒 58', 88'
報告
汉 16'
入場人數： 41,000裁判： 肯恩·伯恩斯（英语：Ken Burns (referee)）（英格兰）
次回合
安德莱赫特 v 拜仁慕尼黑
1976年8月30日 安德莱赫特 4–1 拜仁慕尼黑 布鲁塞尔康斯坦特·旺当·斯托克体育场（英语：Lotto Park）
伦森布林克 20', 82'范德埃尔斯特（英语：François Van Der Elst） 25'汉 59'
報告
穆勒 63'
入場人數： 35,000裁判： 保罗·席勒（英语：Paul Schiller）（奥地利）
1976年洲际杯
主条目：1976年洲际杯
首回合
拜仁慕尼黑 v 克鲁塞罗
1976年11月23日 拜仁慕尼黑 2–0 克鲁塞罗 慕尼黑奥林匹克体育场
穆勒 80'卡佩尔曼 82'
報告
入場人數： 22,000裁判： 路易斯·佩斯塔利诺（阿根廷）
次回合
克鲁塞罗 v 拜仁慕尼黑
1976年12月21日 克鲁塞罗 0–0 拜仁慕尼黑 贝洛奥里藏特米内罗
報告
入場人數： 123,715裁判： 帕特·帕特里奇（英语：Pat Partridge）（英格兰）
一家德国俱乐部挺进了1977年欧洲冠军杯决赛，但这是由拉特克（前拜仁主帅）治下的门兴格拉德巴赫做到的；他们在决赛中不敌利物浦，标志着英格兰球队在这项赛事中的统治期的开端。[15]拜仁在四分之一决赛中遭基辅迪纳摩淘汰，最终失去了对冠军的控制。盖德·穆勒则第四次成为赛事最佳射手。在本土联赛中，他们跌落第七，首次仅可参加欧洲联盟杯，但至赛事的第三圈阶段即遭同属德甲的和睦法兰克福所淘汰；在两回合较量之间（0比4的惨败已几乎宣告出局），拜仁与对手完成了一次不同寻常的“教练互换”：德特马·克拉默向西入主美因河畔法兰克福，而洛兰特·汝拉则向东来到慕尼黑。[52]然而尽管有这种变化，他们还是以历史性的低位——第十二位结束了1977-78赛季德甲，这意味着将不会取得来季任何欧洲赛事的参赛资格。[52]这是一个时代的落幕，但这无论如何都不会是俱乐部的最后一次成功。
在保罗·布莱特纳回归的帮助下，拜仁和新任主教练策纳伊·帕尔用了一年多的时间对队伍进行了重建，于1978-79赛季德甲以第四名的身份入围1979–80年欧洲联盟杯，并在淘汰了凯泽斯劳滕后才于半决赛不敌最终的冠军和睦法兰克福[53]——所有进入半决赛的球队都来自德国，这是一个独特的情况，再加上汉堡挺进欧冠决赛，证明了德甲联赛在当时的质量。[54]拜仁于当季重获德甲冠军，但是当德国队赢得1980年欧洲足球锦标赛冠军时，鲁梅尼格只是阵中唯一的拜仁球员。[55]这段时期还见证了一项重要的场外任命：乌利·赫内斯因伤被迫提前退役，获委任为俱乐部总经理。[10]
1980年代
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1982年欧洲冠军杯决赛的失利令迪特尔·赫内斯（左）和卡尔-海因茨·鲁梅尼格一脸落寞
重返欧冠的拜仁于1981年再次进军半决赛，而最终的冠军利物浦仅可凭借作客入球優惠制才将他们淘汰出局。[56][57]
拜仁甩开汉堡再次夺得本土冠军，从而入围1981–82年歐洲冠軍盃，并一路杀入了在鹿特丹举行的决赛。令人意外的是，他们在决赛中输给了来自英格兰的对手，但胜利者并非卫冕冠军利物浦（遭索菲亚中央陆军淘汰，后者随后又不敌拜仁），[58]而是名不见经传的阿斯顿维拉——他们此前从未参加过欧洲赛事决赛，于此后多年亦是如此。由于在决赛前几个月更换了主教练，[58]维拉于当季的本土联赛仅取得第十一，是欧洲冠军有史以来的最低排名（超过了拜仁于1975年的第十名）。[59]尽管伯明翰方面不得不在决赛的开局阶段便用新秀门将奈杰尔·斯平克（英语：Nigel Spink）替换出经验丰富的吉米·里默（英语：Jimmy Rimmer），拜仁仍始终无法攻破维拉的防线。而他们上一次决赛（1976年）的出席球员则仅余鲁梅尼格、贝恩德·迪恩贝格尔（英语：Bernd Dürnberger）和乌多·霍斯曼（英语：Udo Horsmann）等三人。
1982年欧洲冠军杯决赛
主条目：1982年欧洲冠军杯决赛和1980–81年歐洲冠軍盃
阿斯顿维拉 v 拜仁慕尼黑
1982年5月26日 阿斯顿维拉 1–0 拜仁慕尼黑 鹿特丹费耶诺德体育场20:15 CEST
维菲（英语：Peter Withe） 67'
報告
入場人數： 46,000裁判： 乔治斯·康拉特（英语：Georges Konrath）（法国）
那年夏天，德国国家队带着三名拜仁球员布赖特纳、鲁梅尼格和沃尔夫冈·德雷姆勒又一次闯入在马德里举行的世界杯决赛，[60]但1比3不敌意大利的结果让他们再度失望而归。[61]汉堡夺回了本土联赛冠军，拜仁则是国内杯赛（英语：1981–82 DFB-Pokal）的优胜者，并且是1982–83年歐洲盃賽冠軍盃的热门球队之一。然而，在战胜了英格兰的托特纳姆热刺之后，[62]他们于四分之一决赛却被亞伯丁淘汰。这支由亚历克斯·弗格森执教的苏格兰小俱乐部在次回合比赛中迅速连入两球逆转了比赛，从而在举起奖杯（英语：1983 European Cup Winners' Cup Final）的道路上势不可挡。[63][64]在接下来的两个赛季，拜仁同样分别被1983–84年歐洲足協盃的最后冠军（热刺）[62]和1984–85年歐洲盃賽冠軍盃的冠军（埃弗顿，在一场戏剧性的半决赛后）所淘汰。[65]
俱乐部重回本土的制胜之路，赢得了连续两届冠军，又在参加1986–87年歐洲冠軍盃的过程中获得第三个冠军。在这届欧冠，拜仁相继淘汰了四个强大的竞争对手：埃因霍温、奥地利维也纳、安德莱赫特和皇家马德里（首回合的焦点是胡安尼托（英语：Juanito (footballer, born 1954)）对洛塔尔·马特乌斯的袭击，次回合则是西班牙球迷在淘汰后朝场内疯狂投掷杂物），[66][40]然后来到决赛与波尔图碰面。此时，英格兰球队由于1985年的海塞尔惨案而被禁止参加欧战，这使得一个实力可能很强的对手被排除在了抽签名单之外。[67]这支葡萄牙俱乐部除了在三年前的优胜者杯上获得亚军外，几乎没有任何欧战背景；而同样在1982年，拜仁则被视为夺冠热门。虽然鲁梅尼格以一笔创纪录的交易加盟了意大利的国际米兰，但这对恢复俱乐部的财务安全至关重要，[61]现在这支球队中还包括他的胞弟米夏埃尔，[68]以及诺贝特·埃德、洛塔尔·马特乌斯、迪特·赫内斯（乌利之胞弟）以及安德烈亚斯·布雷默等四名德国国脚——他们在去年夏天的墨西哥世界杯[60]（俱乐部的比利时门将让-马里·普法夫在那里当选赛事最佳门将）中再度输掉决赛，因此迫切希望抚平伤痛，同时也比葡萄牙人更具大赛经验。另一位德国国脚、出自拜仁青训营的克劳斯·奥根塔勒[13]则因禁赛缺席而感到失望。[69]球队还再次请回曾在1970年代的成功中发挥了重要作用的乌多·拉特克执教，并且在距离慕尼黑仅400公里的决赛场地维也纳获得了压倒性的支持。尽管有着这些看似有利的因素，并在当晚率先由小将路德维希·克格尔（英语：Ludwig Kögl）取得领先，拜仁仍未能守住他们的优势。波尔图在比赛末段的三分钟内攻入两个巧妙的进球，扭转了战局并获得冠军，打破了过去十年决赛中任何球队只进一球（甚至不进球）即可夺冠的模式。[69][70][69][61][15]此前在德国国内以相对低廉的成本组队的拜仁被击败，据称这使得乌利·赫内斯开始将注意力转向吸引国际球星来重振俱乐部的命运。[68]
1987年欧洲冠军杯决赛
主条目：1987年欧洲冠军杯决赛和1986–87年歐洲冠軍盃
拜仁慕尼黑 v 波尔图
1987年5月27日 拜仁慕尼黑 1–2 波尔图 维也纳普拉特体育场20:15 CEST
克格尔（英语：Ludwig Kögl） 25'
報告
马杰尔（英语：Rabah Madjer） 77'约里（英语：Juary） 80'
入場人數： 57,500裁判： 亚历克西斯·邦内（英语：Alexis Ponnet）（比利时）
布雷默和马特乌斯不久后也离队前往意大利（转投国际米兰），在1988年欧洲足球锦标赛坐镇主场负于荷兰之后，他们成为了1990年在意大利夺得世界杯冠军的德国队骨干。[71]在时任联邦主教练弗朗茨·贝肯鲍尔麾下，包括斯特凡·罗伊特、尤尔根·科勒尔、莱蒙德·奥曼、汉斯·普夫吕格勒、奥拉夫·托恩以及奥根塔勒在内的拜仁球员也都入选了世界杯冠军阵容，[72][60]但1991年随着后卫罗伊特和科勒尔（连同其他几位德国球员）出走意大利，则意味着拜仁必须继续加强后防实力。
在尤普·海因克斯的带领下，球队先后止步于1989年欧洲联盟杯、1990年和1991年歐洲冠軍盃的半决赛，分别淘汰他们的那不勒斯、[73]AC米兰和贝尔格莱德红星都赢得了当届赛事的冠军——其中米兰需要战至加时赛才凭借作客入球淘汰拜仁，[74]而红星则是依靠奥根塔勒不幸在最后时刻的乌龙球才得以晋级。[75][76]除了官方的欧洲足联赛事，德国也在此期间实现了统一，于是在1990年11月，拜仁作为西部卫冕冠军参加了纪念性质的单场德意志杯（英语：Deutschland-Cup (football)），于客场以0比1不敌东德冠军德累斯顿迪纳摩。[26]
1990年代
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拜仁的奥拉夫·托恩于1990年参加了对阵德累斯顿迪纳摩的非正式“德意志杯”
在1990年至1996年的过渡时期，拜仁仅获得过一次德甲冠军。继1991–92年歐洲足協盃第二圈耻辱性的以总比分3比6（首回合便破纪录的以2比6失利）遭到丹麦球队B1903（英语：Boldklubben 1903）淘汰后，[77]在接下来的一年里，俱乐部并未获得欧洲赛事的参赛资格，直至1993年在同一项赛事的同一阶段被诺维奇城淘汰，后者就此成为首支在奥林匹克体育场获胜的英格兰球队（英语：FC Bayern Munich 1–2 Norwich City F.C. (1993)）。[78]马特乌斯于1992年回到巴伐利亚，[71]俱乐部还从德国各地选拔了一些富有潜力的青年才俊，其中包括门将奥利弗·卡恩、后卫克里斯蒂安·齐格、马库斯·巴贝尔、托马斯·海尔默和中场梅赫梅特·绍尔，以及即将于1994年代表巴西赢得世界杯冠军的尤尔金霍。[60]弗朗茨·贝肯鲍尔和卡尔-海因茨·鲁梅尼格也应邀以董事身份重返俱乐部。拜仁于1994–95赛季首次参加新模式的[59]欧洲冠军联赛，但至半决赛被最终的冠军阿贾克斯淘汰。后者当时的主教练是路易斯·范加尔，[79]他在当年的任何比赛中都没有输过。[72]
在那一年的本土联赛中，拜仁仅列第六，但得益于排名更靠前的门兴格拉德巴赫夺得杯赛冠军（参加欧洲优胜者杯），从而幸运补位入围1995–96年歐洲足協盃。新签入的尤尔根·克林斯曼以创纪录的15球成为了赛事最佳射手，[80]帮助拜仁逾越了包括巴塞罗那在内的所有竞争对手，使得这种好运得到充分利用。尽管如此，糟糕的国内比赛成绩导致主教练奥托·雷哈格尔在与波尔多的两回合决赛之前便丢掉了帅位；自1993-94赛季以主教练身份夺冠后便开始担任俱乐部主席的弗朗茨·贝肯鲍尔，不得不暂时重回教练席。[72]凭借着绍尔两回合都取得入球，拜仁以总比分5比1的全胜姿态击败了波尔多，这支法国球队是通过参加季前资格赛——歐洲足協圖圖盃才入围联盟杯的。[81][82][83]这不仅是拜仁近二十年来的首个欧战冠军，在欧洲优胜者杯和欧洲冠军杯之后再夺得欧洲联盟杯，还意味着拜仁成为了继尤文图斯和阿贾克斯之后，第三家包揽欧洲三大杯的俱乐部。[84]同年夏天，德国队再度加冕欧洲冠军，拜仁的几名球员（除了没有入选的马特乌斯和一直坐在替补席上的卡恩[71]）在英格兰的胜利中发挥了重要作用。[85]在联盟杯决赛一年后，在毕尔巴鄂竞技效力了一段时间的前波尔多后卫比森特·利扎拉祖转会至拜仁。
1996年欧洲联盟杯决赛
主条目：1996年欧洲联盟杯决赛和1995–96年歐洲足協盃
首回合
拜仁慕尼黑 v 波尔多
1996年5月1日 拜仁慕尼黑 2–0 波尔多 慕尼黑奥林匹克体育场20:00 CEST
海尔默 34'绍尔 60'
報告
入場人數： 63,000裁判： 泽格·穆门塔勒（英语：Serge Muhmenthaler）（瑞士）
次回合
波尔多 v 拜仁慕尼黑
1996年5月15日 波尔多 1–3 拜仁慕尼黑 波尔多莱斯屈尔公园20:45 CEST
杜图埃尔（英语：Daniel Dutuel） 76'
報告
绍尔 53'科斯塔迪诺夫（英语：Emil Kostadinov） 65'克林斯曼 78'
入場人數： 36,000裁判： 瓦蒂姆·朱克（英语：Vadim Zhuk）（白俄罗斯）
尽管如此，第四次夺得欧冠奖杯仍然是当前的头等大事。这项精英赛事经过重新设计，除联赛冠军外的亚军也可参加，[59]随后又进一步扩大，意味着像拜仁这样的杰出俱乐部很少会无法获得参赛资格，但现在必须面对来自其他顶级联赛的多个竞争者才能进入后期阶段；而在过去，一个有利的抽签和一次意外的赛果都可能使赛事进程更为明朗。1996–97年是最后一届仅邀请冠军参加的赛季，其决赛便是在慕尼黑的奥林匹克体育场上演。然而，拜仁却目送其德甲劲敌多特蒙德在决赛中战胜尤文图斯，捧起了令人垂涎的大耳朵杯——这仅是多特蒙德在欧冠决赛中的首次亮相，其阵中拥有前拜仁双星科勒尔和罗伊特（他们和另外三名队友也曾效力于尤文图斯）。[86][87]拜仁只能在吉奥瓦尼·特拉帕托尼的带领下赢得德甲聊以自慰，却在来季欧冠遭到卫冕冠军多特蒙德所淘汰，联赛桂冠也被由雷哈格尔执教的升班马凯泽斯劳滕夺走了。[88]
出席1999年欧洲冠军联赛决赛前的列队（拜仁为灰色）
如果这些结果已令人失望，那么更糟糕的还在后面。在1998–99年欧洲冠军联赛，拜仁从由弗格森领衔的曼联和范加尔执教巴塞罗那组成的死亡之组中以头名出线，[89]然后轻松击败凯泽斯劳滕和以微弱优势战胜基辅迪纳摩，[89]在诺坎普举行的决赛中与曼联再次交锋——这是第一次有两支在去季都没有赢得过联赛冠军或欧冠冠军的球队参加的决赛。[59]缺少了利扎拉祖和吉奥瓦尼·埃尔伯（均因伤缺阵）的拜仁在比赛初段由马里奥·巴斯勒的直接任意球破门而取得领先后，浪费了大量扩大领先优势的机会，但似乎已经足够让比分以1比0进入伤停补时阶段。然而，同样因停赛而失去重要中场球员的英格兰人在第91分钟的角球中找到了扳平比分的机会，随即又迅速逼得另一个角球，再次进球。[89]拜仁此时已无力回天，奖杯就此转送老特拉福德。这场戏剧性的失利让多名球员悲痛欲绝，而俱乐部和球迷们则不得不接受欧冠决赛的第三次失利。[68]几周后，他们又在1999年德国足协杯决赛（英语：1999 DFB-Pokal Final）中以点球大战不敌云达不来梅，[72]尽管在巴塞罗那的决赛前几周，德甲冠军已被拜仁以巨大的优势夺回。
1999年欧洲冠军联赛决赛
主条目：1999年欧洲冠军联赛决赛和1998–99年欧洲冠军联赛
曼彻斯特联 v 拜仁慕尼黑
1999年5月26日 (1999-05-26) 曼彻斯特联 2–1 拜仁慕尼黑 巴塞罗那诺坎普20:45 CEST
谢林汉姆 90+1'索尔斯克亚 90+3'
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马里奥·巴斯勒 6'
入場人數： 90,245[90]裁判： 皮耶路易吉·科利纳（意大利）
2000年代
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梅赫梅特·绍尔的2001年欧冠奖牌，陈列于俱乐部博物馆
拜仁于1999-2000赛季（英语：1999–2000 FC Bayern Munich season）迅速恢复元气，赢得了联赛和杯赛的双冠王，仅在欧冠半决赛中输给了最终的冠军皇家马德里，而后者在分组赛阶段已经被他们重挫过两次。[91]当这两支球队于2000-01赛季的同一阶段再次相遇时，拜仁则通过埃尔伯在主、客场均取得入球（正如他在八分之一决赛中“复仇”战胜曼联那样[91]）而双杀皇马，确保了决赛的席位。[92]
尽管拜仁刚刚获得了联赛的三连冠，但似乎被诅咒无法再次赢得欧冠，因为在最近两次本土联赛中，他们都是直至最后一轮才以最微弱的优势夺冠，被称为“拜仁狗屎运（德语：Bayern-Dusel）”。[91]将与他们在圣西罗对决的巴伦西亚曾在2000年决赛中被皇家马德里击败，因此这是一场“输家之战”（首次由前两届决赛的负者相遇[59]）：其中一家俱乐部需要抚平创伤，而另一家则需要接连遭受第二次失利。比赛的气氛十分紧张，加时赛后的比分仍然是1比1，而两个入球均来自点球（拜仁的绍尔于上半场点球射失，斯特凡·埃芬伯格于下半场则射入）。[93]在最终的点球大战中，卡恩扑出了巴伦西亚七次射门中的三次，[93][94]帮助拜仁以5比4取得胜利，从而结束了25年的漫长等待，第四次捧起大耳朵杯，[91]同时也为球员们和两年前加盟的主教练奥特马·希斯菲尔德带来了成功感和解脱感（相比之下，对于希斯菲尔德的对手埃克托·库珀而言，这是他多年来第三次在欧洲主要决赛中失利）。
2001年欧洲冠军联赛决赛
主条目：2001年欧洲冠军联赛决赛和2000–01年歐洲冠軍聯賽
拜仁慕尼黑 v 巴伦西亚
2001年5月23日 拜仁慕尼黑 1–1 (加時) (5–4 点球大战) 巴伦西亚 米兰圣西罗20:45 CEST
埃芬伯格 50'（点球）
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门迭塔 3'（点球）
入場人數： 79,000[95]裁判： 迪克·约尔（英语：Dick Jol）（荷兰）[96]点球大战
塞尔吉奥（英语：Paulo Sérgio (footballer, born 1969)） 萨利哈米季奇 齐格勒（英语：Alexander Zickler） 安德松 埃芬伯格 利扎拉祖 林克
门迭塔 卡鲁 扎霍维奇 卡博尼（英语：Amedeo Carboni） 巴拉哈 冈萨雷斯 佩萊格里諾
拜仁在2001年欧洲超级杯上输给了利物浦（对手阵中包含有前拜仁球员马库斯·巴贝尔和迪特马尔·哈曼），[97][98]但凭借塞缪尔·库福尔（英语：Samuel Kuffour）于加时赛中的一粒进球，得以在东京举行的2001年洲际杯（英语：2001 Intercontinental Cup）中战胜博卡青年，第二次赢得世界冠军。[99][91]法国国脚利扎拉祖成为首位在俱乐部和国家队层面中均获得欧洲冠军和世界冠军的球员[100]（这一壮举后来在2011年也由巴塞罗那的西班牙国脚再次达成；而拜仁之前的欧洲冠军杯中坚队伍在1976年底赢得洲际杯时已经不再是欧锦赛的卫冕冠军了）。至2001-02赛季，拜仁将德甲冠军拱手让给了多特蒙德；而在欧冠联赛中，皇马则至四分之一决赛时赢得了与拜仁的又一次对决，[91]并在决赛击败来自德国的拜耳勒沃库森（在国内联赛的排名位居拜仁之后）后再度夺冠。拜仁与马德里的比赛标志着这两家著名豪门之间竞争的开始，因为他们之间的交锋变得频繁（尽管他们从未在决赛中相遇）。[101][102][103]
2001年欧洲超级杯
主条目：2001年欧洲超级杯
拜仁慕尼黑 v 利物浦
2001年8月24日 拜仁慕尼黑 2–3 利物浦 摩纳哥路易二世体育场20:45 CEST
萨利哈米季奇 57'扬克尔 82'
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里瑟 23'赫斯基 45'欧文 46'
入場人數： 13,824裁判： 维托·佩雷拉（葡萄牙）
2001年洲际杯
主条目：2001年洲際盃
拜仁慕尼黑 v 博卡青年
2001年11月27日 (2001-11-27) 拜仁慕尼黑 1–0 (加時) 博卡青年 东京国立竞技场19:20 JST
库福尔（英语：Samuel Kuffour） 109'
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入場人數： 51,360裁判： 金姆·米尔顿·尼尔森（英语：Kim Milton Nielsen）（丹麦）[104]
尽管德国国家队因水准不佳而经历了一段糟糕的时期，部分原因是像拜仁这样的顶级俱乐部选择引进成熟的外国球员，而不是从他们的青年队培养年轻的本土球员，[13][105]但德国还是出人意料地进入了2002年世界杯决赛。拜仁在阵中的代表[60]是后卫托马斯·林克、中场延斯·耶雷米斯、前锋卡斯滕·扬克尔和门将卡恩——他赢得了象征赛事最佳球员的“金球奖”，是首位获此殊荣的门将球员、也是俱乐部历史上的首位，从而在此方面超越了其前辈们。2002年德国的另一位巨星是米夏埃尔·巴拉克，他在世界杯结束后便立即从勒沃库森转投拜仁。而埃尔伯尽管在拜仁的进球率很高，却未能入选夺冠的巴西队大名单。
俱乐部于2005年迁入安联竞技场
在接下来的四个赛季中，拜仁三次获得本土双冠王，[91]但始终未能进入欧冠四强。2005年，俱乐部从奥林匹克体育场迁入全新的安联竞技场，[91]该场地是为2006年世界杯在德国举办而建造，这大大增加了主场比赛的容量，也使观众离赛场更近，从而改善比赛气氛。在世界杯赛事上，一支由年轻的巴伐利亚人巴斯蒂安·施魏因斯泰格和菲利普·拉姆、[13]以及当年夏末从科隆加盟拜仁的卢卡斯·波多尔斯基等人组成的德国队，在半决赛输给了冠军意大利，但击败葡萄牙夺得了铜牌。2006-07赛季（英语：2006–07 FC Bayern Munich season）令人失望，因为拜仁再次未能于欧洲赛场产生太大影响（在米兰不敌意大利对手）[106]，并在国内以第四名完赛，从而无缘来季欧冠。[91]作为2007–08年欧洲联盟杯的热门争夺者，他们在等待了二十五年后终于战胜阿伯丁，[107][108]但至半决赛却输给了圣彼得堡泽尼特；[91]俄罗斯人则在决赛中击败了另一支苏格兰球队流浪者。拜仁在本土赛事中重拾双冠王荣耀，但至2008-09赛季（英语：2008–09 FC Bayern Munich season）又双双丢掉了这两项冠军，并再一次止步于欧冠八强。[91]
由拜仁对阵国际米兰的2010年歐洲冠軍聯賽決賽开幕式
路易斯·范加尔于2009年夏天出任拜仁主教练，他斥巨资引进了马里奥·戈麦斯和阿尔扬·罗本，[109]重新调整了施魏因斯泰格的位置，并提拔年轻球员霍尔格·巴德施图伯和托马斯·穆勒进入一线队，[109][13][110]同时允许波多尔斯基和盧斯奧等球员离开。这些变化不仅带来了另一次本土双冠王，更使得欧冠表现取得突破——重返决赛，并志在取得历史性的三冠王。[111]但若泽·穆里尼奥麾下的国际米兰于战术上（尤其是卢西奥的防守）更胜一筹，在马德里取得了2比0的完胜，从而成就意大利俱乐部首次实现三冠王。[112][113][109]
2010年欧洲冠军联赛决赛
主条目：2010年歐洲冠軍聯賽決賽和2009–10年欧洲冠军联赛
拜仁慕尼黑 v 国际米兰
2010年5月22日 拜仁慕尼黑 0–2 国际米兰 马德里圣地亚哥·伯纳乌20:45 CEST
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米利托 35', 70'
入場人數： 73,490[95]裁判： 霍华德·韦伯（英格兰）[96]
在2010年世界杯，由众多拜仁球员组成的德国队再次失望而归，他们在半决赛中以0比1不敌西班牙——后者曾在2008年欧锦赛决赛以相同的比分战胜过他们。俱乐部的荷兰球员罗本和马克·范博梅尔在两项决赛中都是输家。[60]托马斯·穆勒则以5个入球荣膺赛事的“金靴奖”和“最佳年轻球员”，而施魏因斯泰格和拉姆也入选了赛事的最佳阵容“梦之队”。
2010年代
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拜仁的菲利普·拉姆参加了2012年欧洲冠军联赛决赛的点球大战
在2010-11赛季（英语：2010–11 FC Bayern Munich season），拜仁跌至德甲第三，并早早退出了欧冠联赛——卫冕冠军国际米兰再次终结了他们的希望。[109]范加尔就此离开，由尤普·海因克斯接管开创另一个时代。
在2011-12赛季（英语：2011–12 FC Bayern Munich season），继欧冠半决赛通过点球大战淘汰皇家马德里后，他们已于本土的联赛争夺战和杯赛决赛（英语：2012 DFB-Pokal Final）中都输给了多特蒙德，[109]然后回到自己的主场——安联竞技场举行的欧冠决赛对阵切尔西。当托马斯·穆勒于终场前7分钟打破僵局时，其主场优势似乎得以体现，[110]但迪迪埃·德罗巴于5分钟后便为切尔西将比分扳平。[114]120分钟后的比分仍没有改变，因为罗本于加时赛上半场主罚的点球的被扑出，因此需要进行点球大战：[114]在双方合共三次射失后，德罗巴抓住机会为切尔西赢得了冠军。[114][115]这是拜仁历史上遭受的又一次沉重打击。[109]
2012年欧洲冠军联赛决赛
主条目：2012年欧洲冠军联赛决赛和2011–12年欧洲冠军联赛
拜仁慕尼黑 v 切尔西
2012年5月19日 拜仁慕尼黑 1–1 (加時) (3–4 点球大战) 切尔西 慕尼黑安联竞技场20:45 CEST
穆勒 83'
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德罗巴 88'
入場人數： 62,500[95]裁判： 佩德羅·普羅恩卡（葡萄牙）点球大战
拉姆 戈麦斯 诺伊尔 奥利奇 施魏因斯泰格
马塔 路易斯 兰帕德 科尔 德罗巴
阿尔扬·罗本曾参与俱乐部的三次欧冠决赛，他于2012年射失点球，然后于2013年射入制胜球
同以往一样，拜仁迅速从挫折中强势回归。[109]在击败多特蒙德赢得2012年德国超级杯之后，他们又重新夺回了德甲的冠军头衔，于赛季期间仅输一场，并打破了多项纪录。[109]在欧洲赛场上，他们先后以更大的优势淘汰了阿森纳、尤文图斯和巴塞罗那（总比分7比0），[109]历史上第十次入围欧冠决赛，这将在伦敦的温布利球场举行。他们的对手也将很熟悉：多特蒙德，[110]这是欧冠历史上第一次全部由德国球队参加的决赛（自1990年代末该赛事允许多支同联赛球队参加以来，曾出现过一次全西班牙、一次全意大利和一次全英格兰球队的决赛）。[59][116]拜仁的阵容大致与去季一样，并由于他们在国内的强势表现而成为了夺冠热门。[110]马里奥·曼祖基奇于下半场率先为拜仁打破僵局，多特蒙德则迅速依靠点球将比分扳平。[117]正当比赛即将被拖入加时赛，弗兰克·里贝里于第89分钟巧妙助攻罗本破门。[117]多特蒙德几乎没有时间做出回应，比赛以2比1结束，拜仁第五次夺得欧洲冠军。[109][118]接下来的一周，拜仁又在2013年德國足協盃決賽中击败斯图加特，实现了三冠王（若包含德国超级杯则为四冠王）伟业，[109]这是德国足球史上史无前例的壮举，即便在欧洲其他联赛中也仅出现过七次。
2013年欧洲冠军联赛决赛
主条目：2013年歐洲冠軍聯賽決賽和2012–13年歐洲冠軍聯賽
普鲁士多特蒙德 v 拜仁慕尼黑
2013年5月25日 普鲁士多特蒙德 1–2 拜仁慕尼黑 伦敦温布利球场19:45 BST
京多安 68'（点球）
報告
曼祖基奇 60'罗本 89'
入場人數： 86,298裁判： 尼古拉·里佐利（意大利）
三个月后，在2013年歐洲超級盃上，此时由佩普·瓜迪奥拉执教的拜仁[109]与切尔西（他们在欧冠分组赛阶段即退出了卫冕，但后来赢得改制后的欧洲联赛冠军）的对决再度上演。经过常规时间的1比1平局后，双方于加时赛又分享了两个入球，其中拜仁是在最后一分钟将比分扳平。比赛又被拖入点球大战，这次切尔西错失了他们的机会，而拜仁则五球全中，这是俱乐部第一次将超级杯收入奖杯陈列柜。[119]然而，当多特蒙德夺得2013年德国超级杯（英语：2013 DFL-Supercup）时，他们已经错过了包揽2013年度所有冠军的机会。作为欧洲冠军，拜仁直接进入了2013年在摩洛哥举行的世界俱乐部杯的半决赛。他们以3比0击败亚洲代表广州恒大进入决赛，然后在决赛中击败了东道主球队拉贾卡萨布兰卡（后者于半决赛出人意料地淘汰了南美冠军米内罗竞技），第三次加冕世界冠军。[120]如同欧洲冠军杯和洲际杯一样，拜仁是首个捧起世界俱乐部杯的德国俱乐部。[121]
2013年欧洲超级杯
主条目：2013年歐洲超級盃
拜仁慕尼黑 v 切尔西
2013年8月30日 拜仁慕尼黑 2–2 (加時) (5–4 点球大战) 切尔西 布拉格伊甸园体育场20:45 CEST
里贝里 47'马丁内斯 120+1'
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托雷斯 8'阿扎尔 93'
入場人數： 17,686[122]裁判： 乔纳斯·埃里克森（瑞典）点球大战
阿拉巴 克罗斯 拉姆 里贝里 沙奇里
路易斯 奥斯卡 兰帕德 科尔 卢卡库
2013年世界俱乐部杯
主条目：2013年国际足联世界俱乐部杯决赛和2013年国际足联俱乐部世界杯
拜仁慕尼黑 v 拉贾卡萨布兰卡
2013年12月21日 拜仁慕尼黑 2–0 拉贾卡萨布兰卡 马拉喀什体育场19:30 UTC±0
丹特 7'蒂亚戈 22'
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入場人數： 37,774裁判： 桑德罗·里奇（巴西）
2014年（英语：2013–14 FC Bayern Munich season），拜仁在德甲和德国杯上占据统治地位，[123]但在冠军联赛惨败给皇家马德里后，他们失去了对冠军联赛的卫冕机会，皇家马德里则再次赢得冠军（正如2002年发生的那样）。[59]那个夏天，德国赢得了2014年世界杯冠军，[60]当役拜仁球员曼努埃尔·诺伊尔、菲利普·拉姆、热罗姆·博阿滕、托尼·克罗斯、托马斯·穆勒和巴斯蒂安·施魏因斯泰格都打满了整场对阵阿根廷的决赛，替补上阵的马里奥·格策则射入了决定胜负的一球，而俱乐部的前任球员马茨·胡梅尔斯和米洛斯拉夫·克洛泽也参与其中。最终，诺伊尔获颁赛事“金手套奖”，并与克罗斯和穆勒一同入选最佳阵容“梦之队”。
拜仁于2013-14赛季参加欧洲冠军联赛时，胸前都佩戴有象征世俱杯冠军的金色盾牌
在德国赢得世界冠军后，拜仁慕尼黑于接下来的四个赛季中都遵循着与2013-14赛季类似的模式：在罗伯特·莱万多夫斯基领衔的攻击线下，本土联赛以巨大优势夺冠（创纪录的德甲六连冠），[124]但于欧冠的后期阶段会被西班牙对手所淘汰（2015年不敌冠军巴塞罗那、2016年负于亚军马德里竞技——这是自1974年决赛之后双方的首次相遇[27]，以及2017年和2018年不敌冠军皇家马德里）。[125]截至2017-18赛季末，托马斯·穆勒在欧冠联赛的进球总数已达42个，[126]超过莱万多夫斯基，创下了俱乐部在该赛事的个人进球纪录，但仍低于盖德·穆勒在所有欧洲赛事中的67个总进球。[1][2]
2018年，拜仁从世界杯冠军名单上又添增了一名球员，[60]当时俱乐部以创纪录的4150万欧元购入科朗坦·托利索[127]——他随法国队夺得了俄罗斯世界杯的冠军，而德国队却未能从分组赛阶段出线。国家队比赛的失败也反映在了欧冠联赛之中，拜仁于2018-19赛季的八分之一决赛中主场被利物浦击败，这是自2010-11赛季以来最早的一次出局；[128]而多特蒙德和沙尔克04也在同一阶段遭到英格兰对手的重创。[129]
2019年10月，拜仁在托特纳姆热刺体育场以7比2击败主队，这是他们在赢得2020年欧冠过程中的几场大胜之一，11场比赛的胜利记录为100%
拜仁在2019–20年歐洲冠軍聯賽的秋季赛程中表现强劲，首次以全胜战绩完成分组赛。他们在六场比赛中的得失球差为24:5，其中包括客场由塞尔吉·格纳布里独进四球以7比2大胜托特纳姆热刺，[130]以及以客场6比0击败贝尔格莱德红星——这次是由莱万多夫斯基独中四球，并创造了欧洲足联的个人记录：他的四个进球都在15分钟内完成。[131]然而，他们在国内的表现并不稳定，直至汉斯-迪特·弗利克（1987年欧冠决赛成员）接任主教练，拜仁从12月中旬之后仅丢掉了两个德甲积分。[132]欧洲赛场的出色表现则一直延续进入淘汰赛阶段，他们先是以总比分7比1淘汰切尔西（由于欧洲发生冠状病毒疫情，两回合相隔五个月之久），[133]然后在因病毒大流行而改变竞赛模式的封闭阶段，于里斯本的单败淘汰赛中以8比2痛击巴塞罗那而进军决赛，这是加泰罗尼亚人有史以来在欧洲赛场上的最大败仗，也是他们自1946年以来在任何比赛中的最高失球数；此外，这也是拜仁自1983年以来首次在欧洲赛场打进8球，也是自2003年以来首次有球队在欧冠联赛中打进如此多的球。[134][135]在本土联赛和杯赛已经稳操胜券的情况下，拜仁于半决赛以3比0轻松击败里昂，然后在决赛中凭借金斯利·科芒（前巴黎圣日耳曼球员）的进球以1比0战胜巴黎圣日耳曼，从而赢得第六座欧洲冠军奖杯和第二次欧洲三冠王。此外，拜仁还成为了首支在单届欧洲赛事中取得全胜记录的球队。[136][137][138]
2020年欧洲冠军联赛决赛
主条目：2020年歐洲冠軍聯賽決賽和2019–20年歐洲冠軍聯賽
巴黎圣日耳曼 v 拜仁慕尼黑
2020年8月23日 (2020-08-23) 巴黎圣日耳曼 0–1 拜仁慕尼黑 里斯本盧斯球場21:00 CEST
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科芒 59'
入場人數： 0[139][a]裁判： 丹尼尔·奥尔萨托（意大利）
^ 受2019冠状病毒病欧洲疫情影响，最后阶段的比赛以闭门作赛的形式举行。[140]
2020年代
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拜仁在2020年欧洲超级杯上与六届欧联杯冠军得主塞维利亚相遇。这场比赛非常激烈，塞维利亚依靠卢卡斯·奧坎波斯的点球而在初期领先。拜仁通过莱昂·戈雷茨卡扳平了比分，他们还有两个入球被视频助理裁判判定无效，而诺伊尔在下半场也扑出了優素福·恩尼斯里的一记关键射门。加时赛中，哈维·马丁内斯以头球攻入决定性的一球，第二次将奖杯带回慕尼黑。在全球各地仍在实施冠状病毒疫情限制的情况下，这场比赛也是第一场允许观众入场的大型足球赛事，尽管人数仍然受限。[141]
2020年欧洲超级杯
主条目：2020年欧洲超级杯
拜仁慕尼黑 v 塞维利亚
2020年9月24日 拜仁慕尼黑 2–1 (加時) 塞维利亚 布达佩斯普斯卡什竞技场21:00 CEST
戈雷茨卡 34'马丁内斯 104'
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奧坎波斯 13'（点球）
入場人數： 15,180[142]裁判： 安东尼·泰勒（英格兰）
在2020年国际足联世界俱乐部杯决赛上，拜仁遇到了代表中北美足联、以中北美洲及加勒比海足球冠军联赛冠军身份参赛的墨西哥俱乐部新莱昂自治大学老虎。这是中北美地区的球队第一次参加决赛。决赛原定于2020年12月举行，但因新冠疫情对各大洲俱乐部比赛日程的影响而推迟到了2021年2月。[143]拜仁慕尼黑以1比0的比分赢得了他们的第二次世俱杯冠军暨第四次俱乐部世界冠军。凭借这场胜利，拜仁也成为继2009年的巴塞罗那之后第二支获得六冠王（一年内夺得六项冠军）的欧洲球队；他们于2020-21赛季赢得了欧洲三冠王，并在本场决赛之前赢得了德国本土和欧洲超级杯。[144][145][146]
2020年世界俱乐部杯
主条目：2020年国际足联世界俱乐部杯决赛和2020年國際足協世界冠軍球會盃
拜仁慕尼黑 v 新莱昂自治大学老虎
2021年2月11日 拜仁慕尼黑 1–0 新莱昂自治大学老虎 赖扬（英语：Al Rayyan (city)）教育城体育场21:00 AST
帕瓦尔 59'
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入場人數： 7,411[147]裁判： 埃斯特万·奥斯托伊奇（英语：Esteban Ostojich）（乌拉圭）
随着在秋季的欧冠分组赛顺利出线，并于2021年初重启时，拜仁至四分之一决赛阶段与去季决赛的对手巴黎圣日耳曼再度相遇，并由后者完成了复仇。他们在慕尼黑的首回合以3比2获胜，这是自2019年（连续21胜1平）以来，卫冕冠军首次在国际比赛中失利；[148]德国人在巴黎仅以一场1比0的胜利是不够的，他们终因客场进球劣势遭到淘汰。[149]然而，连续第九次夺得德甲冠军将确保拜仁迅速重返国际赛场。[150]